اهداف المعهد:
• الإشراف على برامج الماجستير وتطوير خططها، علوم البيئه، هندسة المياه والبيئه، ويكون مدير المعهد منسقا لهذه البرامج بالتنسيق مع عمادة الدراسات العليا.
• وضع الخطط البحثية لمعالجة المشكلات المائية والبيئية في فلسطين بهدف وضع الحلول المناسبة لها والاستعانة بالكوادر والكفاءات في فلسطين والخارج للاستفادة منها في نشاطات المركز.
• تشكيل لجان بحثية للتقدم بمشاريع محليا ودوليا واعتبار المعهد قاعدة لنقل المعلومات من خلال تحقيق الخطوات التالية:
أ - تطوير مكتبة المعهد لتكون مكتبة علمية متطورة تحتوي بنك معلومات مائي وبيئي لفلسطين والدول المجاورة.
ب- اعداد نشرات ارشادية حول المياه والبيئه وعقد ندوات ومحاضرات وورشات عمل بهدف التطوير والتوعيه.
ج- اعداد نماذج حاسوبية رياضية لحل مشكلات في المياه والبيئه محليا ودوليا والعمل على توثيق علاقات التعاون مع المجالس المحليه والبلدية عن طريق عقد اتفاقيات لتقديم الخدمات بهدف مراقبة جودة المياه ومعالجة مشاكلها.
• ويشتمل المعهد على أربعة مختبرات متخصصة، وهي على النحو التالي:
- مختبر المياه العادمة.
- مختبر التربة.
- مختبر المياه.
- مختبر الأحياء الدقيقة.

س هذا المعهد في حزيران 2001 كنتاج لتطوير مركز الدراسات المائية والبيئية الذي أنشئ في العام 1994 بهدف المساهمة في تنمية الموارد المائية وتحسين التعامل مع عناصر البيئه من مياه وتربه وهواء وغيرها، والمحافظه عليها من أخطار التلوث والاستنزاف ورفع كفاءة الاستعمال.