يهدف المجلس الأعلى للتعليم العالي إلى ما يلي -
.التنسيق بين مؤسسات التعليم العالي في مجال التعليم و البحث العلمي -
التنسيق بين مؤسسات التعليم العالي و مؤسسات البحث العلمي و التعاون مع المجلس الأعلى للبحث العلمي في مجالات البحوث الأساسية و التطبيقية -
الارتقاء بنوعية التعليم العالي ووضع معايير مراقبة الجودة و تقييم أداء مؤسساته و زيادة قدرتها التنافسية في ظل المتغيرات العالمية -
.اقتراح المخطط العام لمؤسسات التعليم العالي على المستوى القومي -
متابعة تطوير مشروعات الخطط الاستراتيجية للتعليم لضمان الوصول إلى المعدلات السياسية العالمية -فيما يخص نسبة المقيدين بالتعليم العالي في الشريحة العمرية 18-23 سنة -
.ترسيخ مفهوم التعليم المستمر و التعليم الذاتي -
وضع مؤشرات مرجعية لسياسات القبول في مؤسسات التعليم العالي على المستوى القومي -
العمل على تطبيق مبدأ مؤسسات التعليم العالي المنتجة و تنوعها و تشجيع الشراكة بينها و بين القطاعات الإنتاجية ضمانا لتنمية البيئة و خدمة المجتمع -
العمل على إيجاد مصادر متنوعة لتمويل مشروعات الإنشاء و خطط التطوير المستمر لمؤسسات التعليم العالي -
.التأكيد على دور مراكز التميز العلمي بين مؤسسات التعليم العالي و تشجيع إنشاءها -
تعظيم دور مؤسسات التعليم العالي المصرية في المجال العربي و الإسلامي و الأفريقي و العالمي -
و يختص المجلس الأعلى للتعليم العالي بتنظيم المسائل التخطيطية و التنفيذية التالية و بما لا يتعارض مع - أحكام القوانين المنظمة لأنشطة مؤسسات التعليم العالي في جمهورية مصر العربية -

أنشئ المجلس الأعلى للتعليم العالي بقرار رئيس مجلس الوزراء رقم 1067 لسنه 2002، يرئس المجلس وزير التعليم العالي و يتولى أمين المجلس الأعلى للجامعات الأمانة العامة للمجلس. كما تتولى أمانة المجلس الأعلى للجامعات القيام بأعمال الأمانة الفنية للمجلس الأعلى للتعليم العالي، كما يصدر وزير التعليم العالي لائحة داخلية للمجلس تحدد أسلوب مزاولة المجلس لمهامه و نظام عمله ، و يضم المجلس في عضويته كل من رؤساء الجامعات الحكومية يختارهم المجلس الأعلى للجامعات كل سنتين -
-رئيس جامعة الأزهر -
-رئيس جامعة خاصة تختاره لجنة الجامعات الخاصة دوريا كل سنتين -
-رئيس أكاديمية السادات للعلوم الإدارية -
-رئيس أكاديمية مبارك للأمن -
-رئيس أكاديمية الفنون -
-مستشار وزير التعليم العالي للجامعة الأمريكية -
-مدير الكلية الفنية العسكرية -
-رئيس الجامعة العمالية
-رئيس الأكاديمية العربية للعلوم و التكنولوجيا و النقل البحري
- (أمين المجلس الأعلى للجامعات ) أمينا للمجلس الأعلى للتعليم العالي
-رئيس قطاع التعليم بوزارة التعليم العالي
-عضو عن كل من وزارات التربية و العليم و المالية و التخطيط و الشباب و الرياضة يرشحه الوزير المختص و لا تقل درجاتهم عن الدرجة الممتازة أو ما يعادلها
-عميد معهد عالي حكومي يختاره المجلس الأعلى للمعاهد دوريا كل سنتين
.-عميد معهد عالي خاص -يختاره المجلس الأعلى للمعاهد دوريا كل سنتين
- ثلاثة من الشخصيات العامة من المهتمين بشئون التعليم العالي يختاره وزير التعليم العالي لمدة عامين