يختص قسم التدقيق و المتابعة بما يأتي:

تدقيق جميع المعاملات المالية و المحاسبية.

الاطلاع على السجلات المالية والمحاسبية لأجهزة الوزارة بشكل دوري.

مراقبة العهد الفرعية والسلف.

تقديم التقارير المالية الدورية.

إعداد بيانات مالية دورية عن حجم الإيراد و الإنفاق الفعلي في الوحدات التنظيمية للوزارة و ذلك بالتعاون مع قسم الميزانية و الحسابات.

تقديم الاقتراحات التي من شأنها أن توفر الحماية اللازمة للأموال العامة المنقولة و غير المنقولة والموضوعة تحت تصرف الوزارة.

الإشراف على الجرد السنوي في جميع أجهزة الوزارة.

إعداد الردود الخاصة بتقارير ديوان المحاسبة.

مراقبة أمانات المحاكم الاتحادية.

القيام بعمليات الجرد على الصناديق و العهد الفرعية.

أية أمور أخرى ذات صلة بطبيعة العمل.