بناء على المادة الثامنة من تنظيم المجلس الاقتصادي الأعلى، فقد تم إنشاء الأمانة العامة للمجلس الاقتصادي الأعلى، لتكون الجهاز الإداري المساعد للمجلس، الذي يهدف إلى تمكينه من القيام بمهامه التي حددها النظام ، وذلك عن طريق :

أ - إعداد الدراسات والتقارير والبحوث وتقديم الاستشارات الفنية للمجلس وذلك في مجال اختصاصه.
ب- التحضير لاجتماعات المجلس ولجانه ومتابعة قراراته.
ج- توفير المعلومات التي يحتاجها المجلس في مجال اختصاصه .
ويقع مقر الأمانة العامة في الديوان الملكي ، ويرأسها معالي الأمين العام الدكتور عبدالرحمن بن عبدالعزيز التويجري. ولدى الأمانة عدد من الخبراء والمختصين في مجال الاقتصاد والمال والتخطيط والتجارة الدولية والقانون والإدارة. وتحصل الأمانة العامة للمجلس على المعلومات ذات الصلـة بالشؤون والقضـايا الاقتصادية. وتزاول أعمالها مراعية في ذلك اختصاصات الجهات ذات العلاقة. ولها في سبيل ذلك طلب الدراسات والتقارير والحصول عليها ، والاستعانة ببيوت الخبرة والمؤسسات المتخصصة والمستشارين.